Proteinbibliothek

[arnika]

Zur Identifizierung eines Proteins kann man dieses nach Verdau und Vorreinigung massenspektrometrisch untersuchen.
Bei diesem automatisierten Prozess greift der Computer auf Datenbanken (Bibliotheken) zurück.

Woher aber kommen diese dort vorhandenen Informationen? WIe erstellt man eine Proteinbibliothek?

Ich hoffe, ich finde im Forum eine Antwort dazu, da in Lehrbücher die MS zur Identifizierung von Proteinen (und sogar Gemischen) zwar erwähnt ist, nicht aber näher erläutert wird. Vielen Dank im Voraus!

[Christopher Kreiss, Dipl.-Pharm.]

Hallo,

eine ganze Reihe nützlicher Informationen zur Massenspektrometrie von Proteinen / Peptiden bzw. zu den für die Identifizierung von Fragmenten herangezogenen Datenbanken finden Sie hier:

http://en.wikipedia.org/wiki/Protein_mass_spectrometry

http://en.wikipedia.org/wiki/Peptide_Spectral_Library

Der Ablauf einer Proteinanalyse via MS sowie das anschließende Einpflegen der Ergebnisse in eine Datenbank sind auf der Webseite "PeptideAtlas" des Seattle Proteome Center schematisch dargestellt:

1) A protein mixture sample is prepared (perhaps labeled, digested with trypsin, purified, separated using chromotography).

2) The sample is run through a mass spectrometer (e.g., ESI MS/MS).

3) The MS/MS spectra are compared to theoretical spectra (SEQUEST, X!Tandem) or actual spectra (SpectraST) to identify possible peptides.

4) The peptide identifications are scored, formed into false and true positive distributions, and subsequently filtered to retain only the highest scoring identifications (PeptideProphet).

5) The peptide sequences are compared to protein sequence databases (e.g. for human, we use the Ensembl, IPI, and Swiss-Prot protein sequence databases). As the peptides are identified in a given protein, so are their locations relative to the protein start (CDS coordinates).

6) The peptide locations in chromosomal coordinates are calculated from the CDS coordinates.

7) The protein identifications are clustered and annotated (ProteinProphet).

8) The data are stored in the SBEAMS database and can be accessed through web pages (see Browse Peptides). The peptides are assigned a unique identity of the form PAp[8-digit number], such as PAp0000001 in our database, but can also be found via their sequences.

http://www.peptideatlas.org/overview.php

Abschließend möchte ich noch auf zwei pdf-Dokumente hinweisen, die Ihnen vielleicht hilfreich sein könnten:

- "Integration with the human genome of peptide sequences obtained by high-throughput mass spectrometry" (in Genome Biology veröffentlichter Artikel aus dem Jahre 2004)

http://www.peptideatlas.org/publicat...004-6-1-r9.pdf

- "Identifikation von Proteinen anhand von MS/MS-Fragmentspektren" (Studienarbeit von Alexander Haupt aus dem Jahre 2006; angefertigt an der Humboldt-Universität zu Berlin)

http://tinyurl.com/7c5u5yu


Mit besten Grüßen -

C. Kreiss

[arnika]

Sehr geehrter Herr Kreiss,

vielen Dank für die vielen Informationen (die musste ich erst einmal alle be- bzw. verarbeiten).
Besonders hilfreich fand ich den ersten Link zum WIKIPEDIA-Artikel und ihre stichpunktartige Auflistung.

Beste Grüße

Arnika